Vuonna 1999 esitelty Yaris on merkin suosituin malli Euroopassa, jossa sitä rekisteröitiin noin 245 000 kappaletta vuonna 2008. Menestys ei ole ollut hetkellistä, sillä kymmenessä vuodessa mallia on myyty Euroopassa yli 2,1 miljoonaa. Yarisilla on vankka sija B-segmentissä, jossa kilpailu asiakkaiden tyytyväisyydestä on tunnetusti kovaa. Suomessa Yaris oli viime vuonna kokoluokkansa ylivoimaisesti ostetuin automalli: 3 399 kpl rekisteröineillä Yaris saavutti 20 prosentin osuuden luokassaan.

Merkittävin uudistus on täysin uusi 1,33 litran bensiinimoottori. Sen voimin mallin hiilidioksidipäästöt ovat laskeneet jopa 119 grammaan kilometrillä. Pudotusta on peräti 21 grammaa verrattuna edeltävään 1,3 VVT-i -malliin. Yhdistetyn ajon kulutuslukemaksi on mitattu 5,1 l/100 km. Moottori tuottaa 74 kW (101 hv) tehoa ja 132 Nm vääntöä. Toteutuksessa on hyödynnetty poikkeuksellisen korkeaa (11,5:1) puristussuhdetta.

Älykäs Stop & Start -järjestelmä on uutuusmoottorin vakiovaruste. Sen avulla modernin voimanlähteen kulutus- ja päästölukemia saadaan puristettua manuaalivaihteiston yhteydessä yhä alemmaksi. Järjestelmä sammuttaa normaalilämpöisen moottorin automaattisesti, kun Yaris pysäytetään esimerkiksi liikennevaloihin, vaihdevalitsin siirretään vapaalle ja kytkinpoljin nostetaan ylös. Moottori käynnistyy vaivatta heti, kun kytkinpoljinta painetaan liikkeelle lähdettäessä. Näin voidaan huomattavasi pienentää ruuhka-ajon päästölukemia. Dual VVT-i -järjestelmä muuttaa sekä imu- että pakoventtiilien ajoitusta, jolloin kaasunvaihtoa pystytään optimoimaan kuhunkin rasitustilanteeseen sopivaksi. Moottorin sisäisiä kanavia on pyöristetty ja tasoitettu tehokkaiden virtausten takaamiseksi. Venttiilikansi ja imusarja on valmistettu kevyestä hartsista. Jäykkä, alumiininen ja hyvin ääntä eristävä öljypohja kiinnittyy myös uuteen 6-nopeuksiseen vaihteistoon. Ratkaisu takaa kevyen, mutta silti tukevan kokonaisuuden.

Yarisiin on saatavilla kolme bensiinimoottoria sekä 1,4 litran diesel. Se edustaa uusinta common rail -teknologiaa piezo-suuttimineen ja hiukkassuodattimineen. Suurin teho on 66 kW (90 hv). Moottorin vääntöominaisuuksia on parannettu, nyt huippuvääntö (205 Nm) on tarjolla jo 1 800 kierroksella. Arvo on 15 Nm edeltävää versiota korkeampi. Diesel on erittäin taloudellinen vaihtoehto – yhdistetyn ajon kulutus on vain 4,1 l/100 km. Kuusivaihteisen manuaalimallin CO2-päästöt ovat 110 g/km, MultiMode-vaihteisen 111 g/km.

Common rail -järjestelmän ruiskutuspaine on 1 600 baria. Polttoainetta ruiskutetaan sylintereihin piezosähköisillä suuttimilla, jotka pystyvät annostelemaan dieseliä kaksi kertaa tavanomaisia suuttimia nopeammin. Korkean avautumisnopeutensa vuoksi ne voivat tarvittaessa suihkuttaa useampia annoksia yhden työkierron aikana. Turboahdin on muuttuvageometrinen, joka osaltaan auttaa saavuttamaan vääntöä alemmilla kierrosnopeuksilla sekä alempia kulutus- ja päästöarvoja. Kolmisylinterisen, 1,0 litran VVT-i-bensiinimoottorin polttoaineen syöttöä on kehitetty ja esimerkiksi moottoriöljyn viskositeettia on pienennetty sisäisen kitkan vähentämiseksi. Yaris-malliston pienin moottori tuottaa hiilidioksidipäästöjä 115 g/km. Yhdistetyn kulutuksen arvoksi ilmoitetaan 4,9 l/100km. Suuri teho on 51 kW (69 hv).

Vauhdinnälkäisimmille on edelleen tarjolla myös 1,8 litran TS-malli. Sen kuusivaihteisen voimansiirron toimintaa on parannettu. 98 kW (133 hv) tehoisen Yarisin CO2-päästöt ovat nyt 170 g/km. TS-mallin erottaa esimerkiksi pulleammista puskureita, takaspoilerista, 17 tuuman kevytmetallivanteista, analogisesta mittaristosta ja urheilullisista istuimista.

Yaris saa useita ulkonäkömuutoksia. Etupuskuria, etuspoileria, konepeltiä, ajovaloja ja alustaa on muotoiltu uudelleen, ja mm. Toyota-logo erottuu nyt aiempaa selvemmin. Muutokset parantavat myös auton aerodynamiikkaa.

LED-tekniikalla toteutetut takavalot sulautuvat hyvin takapuskuriin. Puskurin alaosaa on jatkettu saumattomasti entistä alemmaksi. Näin Yarisin takaosaankin on saatu entistä vauhdikkaampaa olemusta. Ulkovärivaihtoehtojen määrää on kasvatettu kahteentoista. Sisustan värivaihtoehtoja täydentää uusi Ash Brown -kangas sekä hopeanharmaat somisteet ja saumaukset.

Ranskan Valenciennesissa sijaitseva Yaris-tehdas aloitti toimintansa tammikuussa 2001. Mallia on viety sieltä yli 25 maahaan. Tuotantokapasiteettia on hiljattain kasvatettu 270 000 autoon vuodessa. Tehdas, johon on investoitu yhteensä noin 897 miljoonaa euroa, valmisti miljoonannen autonsa joulukuussa 2006. Tuotantolaitoksella työskentelee noin 3 850 ihmistä. Ranskan tehdas kuuluu maailmanlaajuisesti Toyotan tärkeimpien yksiköiden joukkoon. Etenkin korinvalmistus on muuntautumiskyvyltään huippuluokkaa. Samalla linjalla pystytään valmistamaan kaikkia variaatioita Yaris-malleista, ja tarvittaessa täysin erimallisiakin Toyotia tuotantonopeuden siitä kärsimättä.

Tehdas on onnistunut sataprosenttisesti ympäristöä koskevissa tavoitteissaan: kaikki tuotannossa syntyvät jätteet hyödynnetään ja kierrätetään tehokkaasti. Kaatopaikalle ei viedä mitään. Vuodesta 2001 jätteen määrä autoa kohden on onnistuttu puolittamaan. Yhden Yarisin tuottaminen synnyttää nyt 9,5 kg jätettä. Siitä yli 4 kg on kierrätettävissä heti (pahvia, metallia, öljytuotteita jne.). Loput voidaan hyödyntää tehokkaasti polttolaitoksessa korvaamassa muita polttoaineita.

Uudistuneen Yarisin myynti alkaa helmikuussa 2009. Hinnat alkavat 13 230 eurosta.